با اصلاح این آیین نامه اجرایی مناطق ویژه اقتصادی از سوی دولت ،دریافت حقوق ورودی ازکالا،مواداولیه وقطعات خارجی به کاررفته درکالاهای تولیدی درمناطق ویژه اقتصادی توسطگمرک الزامی شد.بدین ترتیب بحث ارزش افزوده دربخش حقوق وعوارض ورودی درمناطق ویژه اقتصادی منتفی می گردد.
ناصرابراهیمی مدیرکل دفترواردات گمرک دراین خصوص اظهارداشت :« براساس ماده 11 آیین نامه اجرایی مناطق ویژه اقتصادی ،مواداولیه وقطعات خارجی به کاررفته درکالاهای تولیدی درمناطق ویژه اقتصادی به شرط پرداخت حقوق ورودی درحکم موادداخلی محسوب شده وپرداخت حقوق ورودی برای مواداولیه وقطعات الزامی است،اماازآنجاکه درتبصره دوم ماده 13 آیین نامه به اخذحقوق وعوارض گمرکی اشاره ای نشده ،سوء تفاهمی برای مسئولان مناطق ویژه مبنی برمعافیت حقوق وعوارض ،ایجادشده است.»

وی افزود:«به دنبال ایجادسوء تفاهم برای مسئولان مناطق ویژه درخصوص بحث ارزش افزوده واخذعوارض گمرکی دراین مناطق ،گمرک اقدام به ارسال نامه ای به معاون اول رئیس جمهور به منظورارائه استعلام ازدکترداوودی درقبال سکوت ماده 13 آیین نامه اجرایی مناطق ویژه اقتصادی ،کردودولت درپاسخ به نامه ارسالی گمرک ،بااصلاح آیین نامه مذکوروبازدن اصلاحیه ای برآن مصوبه ،بردریافت حقوق ورودی کالا دراین مناطق تاکیدکرد.
وی گفت :صراحت ماده 11 این آیین نامه به تنهایی کافی بود ودرصورت آشنایی مسئولان مناطق ویژه اقتصادی بامصوبات وقوانین گمرکی ، حتی به مصوبه (اصلاحیه )جدیدی ازسوی دولت نیزنیازنبود.مدیرکل دفترواردات گمرک ایران تصریح کرد:« درواقع باارائه مصوبه جدید،بحث ارزش افزوده دربخش حقوق وعوارض ورودی مناطق ویژه منتفی است .»

وی ادامه داد:«مامعتقدیم بایدیکسری مزایابه مناطق ویژه کشورداده شود،البته مزایایی که ریشه قانونی داشته باشدوباقانون درتعارض نباشد.»

ابراهیمی بااشاره به قانون بودجه 86 وقانون برنامه چهارم توسع ،گفت «بایدبراساس قانون برنامه ،دولت راازدادن هرگونه معافیت موردی برحذرداشت .»

گفتنی است که ازحدود6 ماه قبل برخی ازمسئولان درباره واردات موادوقطعات خارجی به مناطق ویژه اقتصادی برای تولیدکالا،گمرک ایران رابه عدم همکاری دراجرای مصوبه دولت متهم می کردند،درحالی که پافشاری گمرک درخصوص اخذ حقوق ورودی ازموادوقطعات خارجی صرفا" درجهت اجرای قانون وعمل به وظایف ومسئولیت های واگذار شده به این سازمان بود،کما اینکه درپی استعلام رئیس کل گمرک ازمعاونت اول ریاست جمهوری دراین خصوص دولت بازدن اصلاحیه ای برآیین نامه اجرایی مناطق ویژه برلزوم احقاق حقوق خوددربحث ارزش افزوده تاکیدکرد.